Lo que no existen son pruebas físicas de la existencia de Jesús (restos mortales, objetos hechos por él, etc.), pero sí existen pruebas historiográficas bastante abundantes que confirman la existencia real de dicho personaje. Jesús fue una persona real, física y concreta, con una familia definida, al menos con las referencias de que disponemos, que son bastantes (y eso aún sin tener en cuenta los Evangelios). Aunque la mayoría de referencias historiográficas sólo hacen referencia a su papel como sanador. Pero su papel como predicador influyente está registrado incluso entre sus enemigos.
Existe una tendencia magufística y conspiranoica que niega esas pruebas historiográficas (escritos y testimonios de personas contemporáneas que vivieron en la época de Jesús o muy cerca de ella). A eso se le llama "negacionismo historiográfico", y es completamente falso, muy propio de autores magufos o conspiranoicos (el famoso pseudo-documental Zeigeist es un ejemplo paradigmático en cuanto a la difusión de ese negacionismo de raíz magufa). Los hay que dicen que Jesús de Nazaret fue un mito surgido de la mitología egipcia, que si fue un aliénigena, que si fue una invención romana, etc. Esas teorías son magufas en tanto en cuanto falsean sus conclusiones y pruebas. Muchos malos divulgadores ateos o escépticos de poca monta como Bill Maher entre otros, se han hecho eco de esas teorías sin saber que son magufas (o inventadas para vender libros, etc.).
También existe una tendencia general entre muchos ateos que necesitan demostrar que Jesús no existió para poder así criticar mejor a la religión cristiana... Y eso no es necesario. Yo mismo soy ateo y no necesito mentir sobre las pruebas historiográficas de Jesús, que son ciertas y están ahí, para criticar al cristianismo o decir que Dios no existe. También existió Mahoma y no por eso existe Allah y las 72 vírgenes (ahora es casi un milagro encontrar mujeres vírgenes).
No se deben confundir las dos cosas: que Jesús haya existido históricamente no valida en forma alguna las burradas del cristianismo. Ello más bien es una demostración de la falsedad a la que está dispuesta a llegar la religión para atribuirle a personajes históricos unos hechos fantásticos que nunca hicieron, tales como resucitar muertos o caminar sobre las aguas.